Métagénomique Shotgun
L’intégralité de l’information génétique d'un échantillon
La métagénomique Shotgun cible l’intégralité de l’information génétique microbienne contenue dans un échantillon et permet la caractérisation fonctionnelle et taxonomique des communautés microbiennes. L’ensemble des bactéries, virus, champignons et autres domaines microbiens, sont identifiés par un seul séquençage. Contrairement à la métagénomique ciblée, la métagénomique Shotgun se base sur toutes les zones du génome, permettant une identification taxonomique précise pouvant aller jusqu’au niveau ‘Espèce’. Elle donne donc un aperçu complet de la composition du microbiome et de la diversité des fonctions.
- Caractériser des micro-organismes, tels que les virus, non différenciés par le séquençage à l'aide d'amorces universelles
- Associer la taxonomie et la fonction des espèces microbiennes présentes
- Obtenir des niveaux d'abondance relative d'espèces microbiennes difficiles ou impossibles à cultiver en laboratoire
- Analyser l'abondance relative des espèces microbiennes dans l'habitat naturel
- Etablir le profil des caractéristiques fonctionnelles d'un microbiome particulier
- Suivre les changements de composition d'une communauté microbienne dans des conditions environnementales variables
- Observer l'évolution de l'abondance relative des micro-organismes dans des conditions ou des stress variables
- Découvrir de nouveaux biomarqueurs et composés bioactifs
L’équipe GeT-IT de Metys travaille avec une grande diversité d’échantillons notamment : Eaux, air, sols, plantes, graines, matrices alimentaires, consortiums microbiens, écouvillons (peau, environnementaux/de surface…), ADN déjà extraits.
Nos outils
- Illumina Miseq
- Illumina NovaSeq
- PacBio Sequel II
- AVITI (Element Biosciences)
Nos livrables
- Composition taxonomique
- Données brutes : format fasta et fastq.gz
- Tables d’abondance qui regroupent les échantillons, la taxonomie et l’abondance de chaque OTU pour générer vous-même les figures et interpréter finement les données : format Excel
- Les indices de diversités et les courbes de raréfaction
- Un rapport interactif pour exporter des graphiques et des tableaux selon vos besoins : format .html
- Composition fonctionnelle
- KEGG annotation tables (.tsv) and graphs (.png)
- Correlation plots (.png)
- Résistome
- Antibiotic resistance and virulence tables (.tsv) and graphs (.png)
- Correlation plots (.png)