Métagénomique Shotgun

L’intégralité de l’information génétique d'un échantillon

La métagénomique Shotgun cible l’intégralité de l’information génétique microbienne contenue dans un échantillon et permet la caractérisation fonctionnelle et taxonomique des communautés microbiennes. L’ensemble des bactéries, virus, champignons et autres domaines microbiens, sont identifiés par un seul séquençage. Contrairement à la métagénomique ciblée, la métagénomique Shotgun se base sur toutes les zones du génome, permettant une identification taxonomique précise pouvant aller jusqu’au niveau ‘Espèce’. Elle donne donc un aperçu complet de la composition du microbiome et de la diversité des fonctions.

L’équipe GeT-IT de Metys travaille avec une grande diversité d’échantillons notamment : Eaux, air, sols, plantes, graines, matrices alimentaires, consortiums microbiens, écouvillons (peau, environnementaux/de surface…), ADN déjà extraits.

Nos outils
Nos livrables
  • Données brutes : format fasta et fastq.gz
  • Tables d’abondance qui regroupent les échantillons, la taxonomie et l’abondance de chaque OTU pour générer vous-même les figures et interpréter finement les données : format Excel
  • Les indices de diversités et les courbes de raréfaction
  • Un rapport interactif pour exporter des graphiques et des tableaux selon vos besoins : format .html
  • KEGG annotation tables (.tsv) and graphs (.png)
  • Correlation plots (.png)
  • Antibiotic resistance and virulence tables (.tsv) and graphs (.png)
  • Correlation plots (.png)