Métagénomique ciblée par séquençage long fragment
Séquençage d’amplicons 16S pleine longueur en PacBio
Le gène de l’ARNr 16S est constitué de ~1500 paires de bases, composé de 9 régions hypervariables (V1-V9) et universellement présent dans tous les organismes procaryotes (Bactéries et Archées). L’analyse métagénomique ciblée classique (en court fragment) consiste à sélectionner et séquencer des régions hypervariables (exemple 16S V1-V3 ou V3-V4) dans l’objectif de fournir une identification microbienne principalement à l’échelle du genre.
L’arrivée récente des séquenceurs dits de troisième génération a ouvert de nouveaux champs d’exploration. En effet, le séquençage avec la technologie PacBio permet d’obtenir des lectures longues très précises, pouvant couvrir l’ensemble des 1500 pb du gène de l’ARNr 16S, améliorant ainsi la résolution de l’identification des espèces au sein d’écosystèmes microbiens complexes.
L’arrivée récente des séquenceurs dits de troisième génération a ouvert de nouveaux champs d’exploration. En effet, le séquençage avec la technologie PacBio permet d’obtenir des lectures longues très précises, pouvant couvrir l’ensemble des 1500 pb du gène de l’ARNr 16S, améliorant ainsi la résolution de l’identification des espèces au sein d’écosystèmes microbiens complexes.
- Caractérisation et suivi de la biodiversité
- Surveillance de la contamination microbiologique
- Développement de produits pharmaceutiques ou agrochimiques
- Impacts des activités industrielles
- Monitoring des cultures microbiennes
- Qualité de l'eau et de l’environnement
- Biostimulant et biocontrôle
L’offre METYS
- Séquenceur PacBio Sequel II
- Longueur des séquences : 1500 pb
- Grande précision de lecture grâce aux PacBio HiFi Reads
- Multiplexage jusqu’à 96 échantillons par run de séquençage
- Environ 10K-30K HiFi reads par échantillon
- Applicable à diverses études de communautés microbiennes
- Rapport interactif, tables d'abondance et données brutes
De l’extraction des acides nucléiques à l’analyse bioinformatique et biostatistique des données.