Analyse du transcriptome par NGS
Analyse du transcriptome par NGS
Le transcriptome représente l’ensemble des ARN présents dans une cellule à un instant donné. Il comprend les ARNm, ARNr ARNt ARNnc. Sa composition diffère selon le type cellulaire, l’état biologique et environnemental de la cellule au moment de la mesure/extraction.
- L’analyse de l’expression différentielle des transcrits entre eux ou entre différentes conditions biologiques (eucaryotes ou procaryotes)
- La détection de variants (SNP)
- L’identification de transcripts alternatifs (isoformes, gènes de fusion…)
- La découverte de nouveaux transcripts et ARNnc
Les outils
- Séquenceur AVITI (Element Biosciences)
- Séquenceur Illumina NovaSeq
- PacBio Sequel II
- Oxford Nanopore GridION
- Oxford Nanopore PrometION