Métagénomique ciblée par séquençage court fragment
Caractériser la diversité des microbiomes
Le metabarcoding est une méthodologie intégrale pour caractériser la diversité des microbiomes depuis des décennies ; il permet de générer des analyses de communautés entières de bactéries ou de champignons dans tout échantillon complexe. Comme de nombreuses approches métagénomiques, le séquençage d’amplicons offre des avantages uniques d’exploration et de suivi des microbiomes.
Toute une gamme de marqueurs sont disponibles. Par exemple pour les bactéries, le gène marqueur d’identité ARNr 16S. Il est constitué de ~1500 paires de bases, composé de 9 régions hypervariables (V1-V9) et universellement présent dans tous les organismes procaryotes (Bactéries et Archées). En sélectionnant des régions hypervariables spécifiques pour l’amplification et le séquençage par PCR, telles que V1-V3 ou V3-V4, METYS génère des profils de communautés bactériennes à des fins d’analyse comparative pour un grand nombre de matrices.
- Caractérisation et suivi de la biodiversité
- Surveillance de la contamination microbiologique
- Développement de produits pharmaceutiques ou agrochimiques
- Impacts des activités industrielles
- Monitoring des cultures microbiennes
- Qualité de l'eau et de l’environnement
- Biostimulant et biocontrôle
L’offre METYS
- Séquenceur Illumina-MiSeq
- Longueur des séquences attendues : jusqu’à 300 pb (2 x 300 pb en paired-ends)
- 15Gb / flowcell (2 x 300 pb en paired-end)
- Moins de 2% d’erreur sur les séquences alignées sur le génome de contrôle (PhiX)
- 1 flowcell de 1 ligne
- Possibilité de multiplexage jusqu’à 380 index en séquençage de produits PCR,
- Rapport interactif, tables d'abondance et données brutes
De l’extraction des acides nucléiques à l’analyse bioinformatique et biostatistique des données sur une grande diversité de marqueurs : ARNr16S, ARNr 18S, ITS, ARNr 23S, gènes (Tuf, GyrB, rbcL), ou tout autre marqueur spécifique.