Nouvelle prestation ! Le séquençage de la totalité du marqueur moléculaire ARNr16S

Le gène de l’ARN ribosomique 16S (ARNr 16S) est un marqueur commun pour caractériser les communautés microbiennes des écosystèmes microbiens complexes (Eaux, Sols, Bioprocédés, Air, Microbiote…) depuis plus de 25 ans. Il a une taille d’environ 1,5 kb, et se compose de plusieurs régions conservées et hypervariables (V1-V9) d’une bactérie à l’autre. Ces séquences hypervariables sont utilisées depuis 1997 pour identifier et caractériser la diversité microbienne des écosystèmes microbiens complexes très différents eaux, microbiote intestinal, sols, air…

Alors réalisées en Sanger, les premières études ont montré l’intérêt d’accéder à la microflore non-cultivable (soit environ 99% de la diversité microbienne). Plus tard, les séquenceurs 2^ème génération dits short-reads ont démocratisé les inventaires moléculaires mais au détriment de la précision d’identification, qui reste limitée au niveau taxonomique du genre.

Grâce au projet SeqOccin, la plateforme GeT-PlaGe a transféré à GeT-IT, une application de séquençage PacBio permettant d’avoir une profondeur de séquençage comparable au séquençage short-read et avec une précision d’identification équivalent au séquençage Sanger. En effet, à l’aide de la technologie en temps réel PacBio single molécule (SMRT), il est possible d’obtenir la séquence complète de l’ARNr 16S avec une lecture haute-fidélité. Les lectures HiFi générées grâce au mode de séquençage par consensus circulaire (CCS) permettent la détection de taxons microbiens à haute résolution. Les 1^ers résultats mettent en évidence un taux d’affiliation à l’espèce d’environ 65% contre 25% avec le séquençage ciblé Illumina [résultats non publiés – obtenus à partir d’échantillons digestifs de poulet et d’échantillons cutanés].